Инвестиционная программа "Газпром нефти", также предусматривает в 2013 году, ввод в эксплуатацию на данном заводе установок изомеризации легкой нафты и гидроочистки бензинов каталитического крекинга. Также планируется завершение следующего этапа в реконструкции установки по гидроочистке дизельного топлива марки ЛЧ-24-2000. В итоге, Московский Нефтеперерабатывающий завод, в полной мере может перейти на произведение бензинов, которые будут соответствовать пятому классу технического регламента Российской федерации.

Изготовление дизтоплива пятого класса превысит 75 процентов от общего объема дизельного топлива. В 2014 году планируется завершение заводом последующего этапа реконструкции установки по первичной переработки нефти, что может значительно увеличить изготовление более качественного бензина и дизельного топлива. Инвестиционная программа предусматривает начало строительства установки комбинированного типа по переработке нефти, общей мощностью шесть миллионов тон в год.

Данный комплекс способен объединить три отдельные установки, имеющиеся на сегодняшний день по производству компонентов зимнего и летнего дизтоплива, а также высокооктановых бензинов. Проект должен завершится в 2017 году. В 2013 году также планируется начало строительства на заводе установки для модификации битумов, которые предназначены для изготовления 60 тысяч тон эмульсий в год. Что даст возможность для увеличения производства более качественной битумной продукции.

Общий объем инвестирования до 2020 года по данной программе модернизации, должен составить не менее 130 миллиардов рублей. Дочерним предприятием компании "Газпром нефть" является "Газпром нефть - Московский НПЗ". Мощность данного завода в год может составлять 12,15 миллионов тон.

Производит Московский НПЗ дизельное, судовое и авиационное топливо, автомобильные бензины, и высокооктановые добавки к ним, газы и битумы разного назначения. Также завод обеспечивает около сорока процентов потребностей в нефтепродуктах Московского региона.